Guadalajara historia började med erövringen av Mexiko av Spanien. År 1532 grundades Mesa Del Cerro (nu känd som Nochistlan, Zacatecas) som den första bosättningen av Guadalajara. Platsen avgjordes av Cristobal de Onate och beställdes av Nuno de Guzman för att säkra de senaste spanska erövringarna och försvara sig mot de inhemska stammarna. Bosättningen upplöstes 1533 på grund av brist på vatten och flyttades till en plats nära dagens Tonala. Fyra år senare beordrade Guzman att byn skulle flyttas igen, den här gången till tlacotan. Slutligen, den 14 februari 1542, grundades staden Guadalajara på sin nuvarande plats.
Guadalajaras namn kommer från det arabiska ordet ”wad-al hidjara”, vilket betyder ”flod som går mellan stenar.”
under hela 17-och 18-talen ökade Guadalajara sin rikedom och inflytande genom att importera varor från Stillahavskusten och distribuera dem till resten av Mexiko. Regionen uppnådde också större stabilitet genom att förhandla om fredliga bosättningar med de inhemska stammarna.
år 1791 grundades universitetet i Guadalajara i staden, som då var huvudstaden i staten Nueva Galicien. Invigningen hölls 1792. Guadalajara blev huvudstad i den nya staten Jalisco den 27 maj 1824, efter Mexikos självständighetskrig från Spanien.
Guadalajara blomstrade på 19-talet. Småskaliga industrier började utvecklas, många startade av invandrare från Europa. Järnvägslinjer lades för att ansluta Guadalajara till Stillahavskusten och norrut till USA, vilket gjorde det möjligt att transportera jordbruksprodukter från regionen till marknader. Ranching blev en mycket viktig del av områdets ekonomi vid den tiden.
Från och med 1930-talet började Guadalajara uppleva stor tillväxt och översteg 1 miljon människor på 1960-talet. på 1970-talet var staden andra i befolkningen bara till Mexico City.
Guadalajara genomgick en stor omvandling på 1950-talet och ersatte föråldrade byggnader med modern arkitektur, skapade bredare gator för fotgängare och lade till underjordiska parkeringsplatser och nya köpcentrum. De kloka stadsfäderna behöll de vackra gamla byggnaderna du kan se idag som skildrar Guadalajaras historia och karaktär.en stor katastrof drabbade staden 1992, då Guadalajara upplevde en stor bensinexplosion i avloppssystemet som dödade 206 personer, skadade nästan 500 och lämnade 15 000 hemlösa. Skadorna uppskattades till nästan 1 miljard dollar.idag är Guadalajara ett pulserande storstadsområde på 4,4 miljoner människor med en blomstrande ekonomi byggd på elektriska och elektroniska produkter och ölproduktion. Staden heter Mexikos Silicon Valley och är hem för många högteknologiska företag som IBM, Kodak, General Electric, Dell, Hewlett Packard, Siemens, Flextronics, Gateway, Hitachi, Solectron och andra.