grundaren Andrew Wilson inspirerades av de berömda duck tours i Wisconsin Dells, Wisconsin. Företaget började köra turer i Boston med fyra ankor och driver nu en flotta på 28. Den första avgångsplatsen var på Long Wharf framför New England Aquarium. 1997 Boston Duck Tours operation flyttades till Back Bay-området i Boston vid Prudential Center. År 2002 öppnade Boston Duck Tours En andra avgångs-och biljettplats på Museum of Science. År 2009 öppnade Boston Duck Tours en tredje avgångs-och biljettplats vid New England Aquarium. Boston Duck Tours transporterar cirka 600 000 passagerare per år.
en Boston Duck Tour DUKW i Charles River
år 2002 användes Boston Duck Tour Ducks först som paradfordon för New England Patriots efter att patrioterna vann Super Bowl XXXVI över St.Louis Rams. Sedan dess har Boston Duck Tour Ducks deltagit i 12 professionella sportmästerskapsparader i Boston. Det har varit sex för New England Patriots (2002, 2004, 2005, 2015, 2017, 2019), fyra för Boston Red Sox (2004, 2007, 2013, 2018), En för Boston Celtics (2008) och en för Boston Bruins (2011). Med dessa parader som blivit en frekvent förekomst sedan 2002 har ”Cue The Duck Boats” blivit en populär slagord i Boston bland stadens sportfans. Ankabåtarna planerades först att användas för New England Patriots 1997 men de vann inte Super Bowl XXXI. Medan mycket av paradrutterna genom åren bestod av DUKWs som stannade på land, presenterade några DUKWs som korsade både landet och över Charles River. under 2010 ombads Boston Duck Tours att hjälpa till att transportera översvämningsoffer i Wayland, MA. Kraftiga regn hade lämnat Pelham Island-området Wayland isolerat och ankorna fördes in för att färja människor in och ut ur deras grannskap tills vattnet drog sig tillbaka.
den 7 augusti 2014 pensionerade Boston Duck Tours sitt sista återstående ursprungliga andra världskriget DUKW från regelbundna turer. Från och med 2015 utförs alla regelbundna turer på replika DUKWs som är större och lättare att reparera än de ursprungliga fordonen och körs på biodiesel.