Europa (2009-2013)redigera
den 29 maj 2009 tecknade Baynes ett tvåårigt avtal med Lietuvos Rytas från Litauens basketliga Liga. I juli 2009 spelade han för Los Angeles Lakers ’ Summer League-lag. Efter säsongen 2009-10 skilde han sig med Lietuvos Rytas.
den 15 juli 2010 undertecknade Baynes ett tvåårigt avtal med EWE Baskets Oldenburg från den tyska Basketbundesliga. I 40 matcher för Oldenburg 2010-11 var han i genomsnitt 6,8 poäng och 3,7 returer per match. Den 29 juni 2011 skilde han sig från Oldenburg.
den 24 augusti 2011 tecknade Baynes ett ettårigt avtal med Ikaros Kallitheas från den grekiska Basketligan.
den 1 augusti 2012 undertecknade Baynes ett ettårigt avtal med Union Olimpija från Slovenska Basketligan. Den 5 januari 2013 spelade han sitt sista spel för Olimpija, när han senare lämnade laget i strävan efter ett NBA-kontrakt.
San Antonio Spurs (2013-2015) redigera
den 23 januari 2013 undertecknade Baynes med San Antonio Spurs. I sitt andra NBA-spel spelade Baynes sju poäng, nio returer och ett kvarter i en 102-78 seger över Charlotte Bobcats. Under säsongen 2012-13 tilldelades han flera gånger till Austin Toros i NBA Development League. Han gjorde sin första NBA-start i Game 4 av Spurs första omgång playoff match-up mot Los Angeles Lakers, och fick i uppdrag att försvara Dwight Howard. Spurs fortsatte med att nå NBA-finalen 2013 men förlorade serien i sju matcher till Miami Heat.
den 1 December 2013 tilldelades Baynes till Austin Toros. Han återkallades den 2 December, omplacerades den 8 December och återkallades igen den 9 December. Den 6 maj 2014 spelade han in slutspelskarriär-högt antal 10 poäng och sju returer i en 116-92 seger över Portland Trail Blazers i spel 1 i Western Conference semifinal. Baynes fortsatte med att hjälpa Spurs besegra Miami Heat 4-1 i 2014 NBA-finalen för att hävda sitt första NBA-mästerskap.
den 26 September 2014 undertecknade Baynes på nytt med Spurs. Den 20 December 2014 gjorde han en då karriärhög 16 poäng medan han startade i stället för Tim Duncan i en förlust på 99-93 mot Dallas Mavericks. Den 1 April 2015 och 3 April 2015 hade Baynes back-to-back 18-poängsspel.
Detroit Pistons (2015-2017) redigera
den 12 juli 2015 undertecknade Baynes med Detroit Pistons. Den 19 mars 2016 gjorde han en karriärhög 21 poäng i en 115-103 seger över Brooklyn Nets.
den 14 November 2016 gjorde Baynes 20 poäng mot Oklahoma City Thunder medan han startade i stället för Andre Drummond. Den 19 mars 2017 tog Baynes en karriärhög 17 returer tillsammans med 13 poäng i en 112-95 seger över Phoenix Suns.
Boston Celtics (2017-2019)redigera
den 19 juli 2017 undertecknade Baynes med Boston Celtics. I en match mot Charlotte Hornets skadade Baynes Celtics lagkamrat och stjärnpunktvakt Kyrie Irving. Den 8 November 2017 matchade han sin karriär högt med 21 poäng i en 107-96 seger över Los Angeles Lakers. I Celtics ordinarie säsongsfinal den 11 April 2018 ledde Baynes en korthänt Boston-lineup med en karriärbästa 26 poäng och 14 returer i en 110-97 seger över Brooklyn Nets.
den 7 juli 2018 undertecknade Baynes på nytt med Celtics. Den 19 December 2018, i en förlust 111-103 för Phoenix Suns, bröt Baynes ett ben i sin vänstra hand. Han uteslöts därefter i fyra till sex veckor. Han återvände till handling den 16 januari 2019 mot Toronto Raptors. På 3 februari, han sidelined med en vänster fot kontusion.
Phoenix Suns (2019-2020) redigera
den 6 juli 2019 handlades Baynes tillsammans med utkastet till rättigheter till Ty Jerome till Phoenix Suns för en skyddad första omgång 2020. Efter att Deandre Ayton avbröts för 25 matcher på grund av diuretisk användning den 24 oktober befordrades Baynes till att vara lagets Startcenter under den tidsperioden. Den 30 oktober spelade Baynes in 24 poäng, 12 returer och en karriärhög 7 assist i en 121-110 seger över Golden State Warriors. Den 6 mars 2020 gjorde Baynes 37 poäng och slog nio trepekare, båda karriärhöjderna, tillsammans med 16 returer, i en seger 127-117 över Portland Trail Blazers. Han band inte bara en franchiserekord för de flesta trepekare som gjordes i ett enda spel, men han går också med James Harden som den enda andra spelaren som spelar in 35+ poäng, 15+ Returer och 9 trepekare i ett enda spel.
den 23 juni 2020 rapporterade Suns att två av sina egna spelare testade positivt för COVID-19. I en intervju den 22 juli avslöjade Baynes sig som en av de två spelarna som testade positivt för COVID-19-viruset. Till skillnad från hans andra lagkamrat som testade positivt, gick Baynes med i laget i 2020 NBA Bubble tills efter att scrimmage-spelen var färdiga och såg till att han helt testade negativt för viruset innan han kom in i bubblan. På grund av hans sena inträde och efterföljande karantänperiod kunde han inte spela den 31 juli mot Washington Wizards. Efter att ha återhämtat sig från viruset diagnostiserades Baynes senare med en höger knäkontusion och lämnade honom ur funktion under resten av den återupptagna ordinarie säsongen. Trots att Baynes var ute av action under större delen av spelet ansågs Baynes vara klart att spela för lagets sista match för säsongen, men bestämde sig mot det trots utblåsningen 128-102 vinna över Dallas Mavericks och avslutade den återupptagna säsongen med en 8-0 rekord.
Toronto Raptors (2020-nu)redigera
den 22 November 2020 tecknade Baynes ett tvåårigt kontrakt, värt 14,3 miljoner dollar, med Toronto Raptors. Undertecknandet tillkännagavs officiellt av Raptors den 25 November. Den 31 januari 2021 hade Baynes åtta poäng och en säsong hög 16 returer i en 115-102 seger mot Orlando Magic.