Wilk meksykański został po raz pierwszy opisany jako odrębny podgatunek w 1929 roku przez Edwarda Nelsona i Edwarda Goldmana ze względu na jego niewielkie rozmiary, wąską czaszkę i ciemną skórę. Wilk ten jest uznawany za podgatunek Canis lupus w urzędzie taksonomicznym Mammal Species of the World (2005). W 2019 r.dokonano przeglądu literatury poprzednich studiów przez Narodowe Akademie Nauk, inżynierii i medycyny. Stanowisko Akademii narodowych jest takie, że historyczna populacja Wilka meksykańskiego reprezentuje odrębną ewolucyjną linię wilka szarego, a współczesne Wilki meksykańskie są ich bezpośrednimi potomkami. Jest to ważny podgatunek taksonomiczny klasyfikowany jako Canis lupus baileyi.
Lineage
Wilki szare (Canis lupus) migrowały z Eurazji do Ameryki Północnej 70 000-23 000 lat temu i dały początek co najmniej dwóm morfologicznie i genetycznie odrębnym grupom. Jedna grupa jest reprezentowana przez wymarłego Wilka Beringa, a druga przez współczesne populacje. Jeden z autorów sugeruje, że przodkowie Wilka meksykańskiego byli prawdopodobnie pierwszymi wilkami szarymi, które przekroczyły most lądowy Beringa w Ameryce Północnej w późnym plejstocenie po wymarciu Wilka Beringowskiego, kolonizując większość kontynentu aż do wypchnięcia na południe przez nowo przybyłych przodków C. l. nubilus.
haplotyp to grupa genów występujących w organizmie, które są dziedziczone wspólnie od jednego z rodziców. Mitochondrialne DNA (mDNA) przechodzi wzdłuż linii matczynej i może datować się tysiące lat wstecz. W badaniu z 2005 porównano mitochondrialne sekwencje DNA współczesnych wilków z sekwencjami z 34 okazów datowanymi na lata 1856-1915. Stwierdzono, że historyczna populacja posiada dwukrotnie większą różnorodność genetyczną niż współczesne wilki, co sugeruje, że różnorodność mDNA wilków wykorzenionych z zachodnich Stanów Zjednoczonych była ponad dwukrotnie większa niż współczesna populacja. Niektóre haplotypy należące do wilka meksykańskiego, wymarłego Wilka Wielkiego równiny i wymarłego Wilka Południowego Gór Skalistych tworzyły unikalny „Klad Południowy”. Wszystkie grupy wilków północnoamerykańskich wraz z tymi z Eurazji, z wyjątkiem kladu południowego, które tworzą grupę wyłącznie dla Ameryki Północnej. Szeroki obszar dystrybucji kladu południowego wskazuje, że przepływ genów był rozległy poza uznanymi granicami jego podgatunku.
w 2016 roku badania mitochondrialnych sekwencji DNA zarówno współczesnych, jak i starożytnych wilków wygenerowały drzewo filogenetyczne, które wskazało, że dwa najbardziej bazalne haplotypy Ameryki Północnej obejmowały Wilka meksykańskiego i Wilka z wyspy Vancouver.
w 2018 roku przeprowadzono badanie morfologii kończyn współczesnych i kopalnych wilków północnoamerykańskich. Główne kości kończyn wilka dire, Wilka Beringian i większości współczesnych wilków szarych Ameryki Północnej można wyraźnie odróżnić od siebie. Późne plejstoceńskie wilki po obu stronach Laurentydowej pokrywy lodowej-Kordyliery posiadały krótsze nogi w porównaniu z większością współczesnych wilków. Późne plejstoceńskie wilki z Natural Trap Cave w Wyoming i Rancho La Brea w południowej Kalifornii były podobne pod względem morfologii kończyn do wilków Beringian z Alaski. Współczesne wilki w środkowo-zachodnich USA i północno-zachodniej Ameryce Północnej mają dłuższe nogi, które wyewoluowały w holocenie, prawdopodobnie spowodowane utratą wolniejszej zdobyczy. Krótsze nogi przetrwały jednak do holocenu po wymarciu znacznej części megafauny plejstoceńskiej, w tym wilka Beringyjskiego. Holoceńskie wilki Z Middle Butte Cave (datowane na mniej niż 7600 lat) i Moonshiner Cave (datowane na ponad 3000 lat) w hrabstwie Bingham w Idaho były podobne do wilków Beringian. Wilk meksykański i sprzed 1900 roku próbki Wilka Wielkiego równiny (Canis lupus nubilus) przypominały późnego plejstocenu i holocenu kopalne wilki szare ze względu na krótsze nogi.
hybrydyzacja z kojotami i wilkami czerwonemiedit
w przeciwieństwie do wilków wschodnich i czerwonych, gatunek wilka szarego rzadko krzyżuje się z kojotami na wolności. Bezpośrednie hybrydyzacje pomiędzy kojotami i wilkami szarymi nigdy nie były wyraźnie obserwowane. Niemniej jednak, w badaniu, które analizowało genetykę molekularną kojotów, a także próbki historycznych czerwonych wilków i meksykańskich wilków z Teksasu, kilka markerów genetycznych kojotów zostało znalezionych w historycznych próbkach niektórych izolowanych pojedynczych meksykańskich wilków. Podobnie, szary wilk y-chromosomy zostały również Znalezione w kilku pojedynczych samców kojotów teksańskich. Badanie to sugerowało, że chociaż meksykański wilk szary jest na ogół mniej podatny na hybrydyzacje z kojotami w porównaniu do czerwonego wilka, mogły mieć miejsce wyjątkowe wymiany genetyczne z Kojotami Teksańskimi wśród kilku pojedynczych wilków szarych z historycznych pozostałości, zanim populacja została całkowicie wytępiona w Teksasie. Jednak te same badania również przeciwstawiły się tej teorii z alternatywną możliwością, że mogły to być czerwone wilki, które z kolei również kiedyś pokrywały się z obydwoma gatunkami w regionie Środkowego Teksasu, które były zaangażowane w obieg przepływu genów między kojotami i wilkami szarymi, podobnie jak podejrzewa się, że wilk Wschodni ma mostkowane przepływy genów między wilkami szarymi i kojotami w regionie Wielkich Jezior, ponieważ bezpośrednia hybrydyzacja między kojotami i wilkami szarymi jest uważana za rzadką.
w testach przeprowadzonych na próbce wypychanej tuszy, pierwotnie oznaczonej jako chupacabra, analiza mitochondrialnego DNA przeprowadzona przez profesora Texas State University Michaela Forstnera wykazała, że był to Kojot. Jednak późniejsza analiza przez zespół laboratorium genetyki weterynaryjnej na Uniwersytecie Kalifornijskim, Davis doszedł do wniosku, że na podstawie chromosomów płci, samiec był hybrydą kojota i wilka spłodził samca Wilka meksykańskiego. Sugerowano, że zwierzę hybrydowe cierpiało na sarkoptyczną mange, co tłumaczyłoby jego bezwłosy i niebieskawy wygląd.
badanie w 2018, które analizowało populacje wilków podejrzewanych o wcześniejsze interakcje z psami domowymi, nie wykazało istotnej domieszki psa do wilka meksykańskiego. Kolejne badania w tym samym roku zostały opublikowane w czasopiśmie PLOS Genetics, w którym analizowano genomikę populacji wilków szarych i kojotów z Całej Ameryki Północnej. Badanie to wykryło obecność domieszek kojotów w różnych populacjach zachodnich wilków szarych, wcześniej uważanych za wolne od introgresji kojotów i odkryło, że Meksykańskie wilki mają 10% domieszki kojotów. Autor badania sugeruje również, że domieszka z kojotów mogła również odegrać rolę w podstawowym filogenetycznym umiejscowieniu tego podgatunku.