późniejsza praca i udział w Marvel Cinematic Universe
Po pracy dla Marvela w oficjalnym charakterze przez prawie 60 lat, Lee zaczął realizować inne projekty, aw 1999 roku założył Stan Lee Media, firmę zajmującą się rozrywką internetową zbudowaną wokół jego twórczości. Ostatecznie jego rola w Marvel stała się emerytowanym przewodniczącym. Nowa firma Lee dobrze poradziła sobie ze swoim pierwszym projektem, animowanym serialem internetowym o nazwie 7th Portal, w którym występują kosmici, którzy wchodzą na Ziemię przez „7th portal” – Internet. Po tym początkowym sukcesie firma została jednak nękana przez szereg procesów sądowych i zarzutów korupcyjnych. W lutym 2001 roku złożył wniosek o upadłość. W 2004 roku powstała Pow Entertainment dla różnych nowych postaci i franchisingu Lee. Wraz ze wspólnikami sprzedał firmę w 2017 roku.
Copyright © 2005 Twentieth Century Fox Film Corporation i Marvel Entertainment
adaptacje filmowe oparte na serialu, który współtworzył Lee, odniosły duży sukces. X-Men (2000) i Spider-Man (2002) zapoczątkowały przebojowe franczyzy, które zarobiły miliardy dolarów w przychodach kasowych na całym świecie. Inne kreacje Lee, które otrzymały hollywoodzkie traktowanie, to Daredevil (2003), Hulk (2003) i Iron Man (2008). Lee często występował w rolach epizodycznych w tych filmach, co było kontynuacją tradycji po zakupie Marvela przez Disney w 2009 roku. Po przejęciu Marvela nastąpił zalew filmów, w tym tych opartych na kreacjach Lee-Kirby ’ ego, takich jak Thor (2011), Avengers (2012) i Ant-Man (2015). Kamea Lee stały się ulubionymi przez fanów „pisankami” w Marvel Cinematic Universe – ponieważ wspólny świat filmów stał się znany—i ostatecznie pojawił się w dziesiątkach filmów Marvela, serialach telewizyjnych i grach wideo. Jego krótka rola w Guardians of the Galaxy Vol. 2 (2017) wyjaśnił, że Lee w rzeczywistości portretował tę samą postać w każdym z tych występów i że jego powtarzająca się rola była kronikarzem wydarzeń z uniwersum Marvela. W listopadzie 2002 Lee złożył pozew o 10 milionów dolarów przeciwko Marvelowi po tym, jak nie otrzymał żadnych zysków z pierwszego filmu o Spider-Manie, a w 2005 sąd orzekł na korzyść Lee.
oprócz pracy w innych mediach Lee pisał książki o komiksach i o własnym życiu. Jego opublikowane prace to m.in. Origins of Marvel Comics (1974), Excelsior!: The Amazing Life Of Stan Lee (2002), oraz Stan Lee and The Rise and Fall of the American Comic Book (2003). W 2008 został odznaczony National Medal of Arts.