w Armii Czerwonej znajdowali się również komisarze polityczni, których zadaniem było zapewnienie lojalności wobec Józefa Stalina i jego rządu. Często członkowie NKWD, sowieckiej tajnej policji, obecność komisarzy politycznych tworzyła nieefektywny dualizm dowództwa polowego.
w chwili wybuchu II Wojny Światowej w 1939 roku Armia Czerwona liczyła około 1 800 000 ludzi, z czego jedna czwarta stacjonowała na Dalekim Wschodzie.
w listopadzie 1939 roku Armia Czerwona zaatakowała Finlandię. Marszałek Carl Mannerheim, głównodowodzący armii fińskiej, był w stanie zablokować radzieckie natarcie pod Kemijarvi i Karelią. Dopiero wiosną 1940 roku 7. i 13. armia dowodzona przez generała Kirila Meretsokova zdołały przełamać fińską obronę.
Finlandia uzgodniła warunki pokojowe 13 marca 1940 roku. Wojna kosztowała Sowietów 200 000 ludzi, 700 samolotów i 1600 czołgów. Józef Stalin doszedł teraz do wniosku, że Armia Czerwona nie jest w stanie stoczyć poważnej wojny i pomógł potwierdzić jego pogląd, że niezwykle ważne jest unikanie wojny z nazistowskimi Niemcami tak długo, jak to możliwe. Wojna radziecko-Fińska również przekonała Adolfa Hitlera, że armia niemiecka będzie łatwo pokonać Armię Czerwoną, gdy wojna ostatecznie miała miejsce.
Po wojnie z Finlandią Stalin szybko zwiększył liczebność armii czerwonej. Do 1941 r.liczba ta wzrosła do 3 mln ludzi (300 dział). Większość żołnierzy służyła w niezmechanicznych dywizjach strzeleckich. Piechotę wspierała Artyleria konna i kawaleria. Ponad połowa żołnierzy Armii Czerwonej stacjonowała na Zachodzie w obliczu znacznie mniejszych sił niemieckich.
Armia Czerwona posiadała również dwa nowe korpusy czołgów. Obejmowały one KV i Nowy Rosyjski czołg „shellproof”, T-34. Czołg był wyposażony w pochyły pancerz, który odbijał pociski, które były spawane zamiast nitowanych. Wyposażony w potężny silnik wysokoprężny, jego głównym uzbrojeniem było działo kalibru 76 mm o dużej prędkości.
21 czerwca 1941 roku niemiecki sierżant zdezerterował do wojsk radzieckich. Poinformował ich, że armia niemiecka zaatakuje następnego ranka o świcie. Józef Stalin był niechętny wierze w historię żołnierza i dopiero po ataku Niemiec ostatecznie zaakceptował, że jego próby uniknięcia wojny z Niemcami do 1942 r.nie powiodły się.
siły niemieckie, składające się z trzech milionów ludzi i 3400 czołgów, ruszyły w trzy grupy. Grupa Północna skierowała się na Leningrad, grupa środkowa na Moskwę, a siły Południowe na Ukrainę. W ciągu sześciu dni Niemcy zdobyli Mińsk. Generał Dymitr Pawłow, odpowiedzialny za obronę Mińska, i dwóch jego starszych generałów zostało odwołanych do Moskwy i rozstrzelanych za niekompetencję.
wraz z egzekucją Pawłowa i jego generałów Józef Stalin dał jasno do zrozumienia, że ukarze surowo każdego dowódcę, którego zdaniem zawiódł Związek Radziecki. W przyszłości radzieccy dowódcy dwa razy zastanawiali się nad poddaniem się lub wycofaniem. Innym czynnikiem był sposób, w jaki armia niemiecka dokonała masakry mieszkańców Mińska. Przerażeni zarówno Stalinem, jak i Hitlerem, Sowieci nie mieli innego wyjścia, jak walczyć, dopóki nie zostaną zabici.
Józef Stalin mianował się głównodowodzącym armii czerwonej 20 lipca 1941 roku. Nowy akt poboru uchwalono 31 sierpnia 1941 roku. Wiek poboru do wojska został obniżony do osiemnastu dla młodzieży bez wykształcenia średniego i dziewiętnastu dla tych, którzy zostali wykształceni powyżej tego poziomu.
pierwsze miesiące wojny były katastrofalne dla Związku Radzieckiego. Niemieckie siły Północne otoczyły Leningrad, podczas gdy grupa centrum poczyniła stałe postępy w kierunku Moskwy. W głąb Ukrainy wkroczyły również siły niemieckie. Kijów był oblężony, a szef Sztabu Stalina Georgi Żukow zasugerował wycofanie wojsk broniących stolicy Ukrainy, co umożliwiło im zajęcie silnych pozycji obronnych dalej na wschód. Stalin nalegał, aby wojska pozostały, a do czasu zajęcia Kijowa straty były bardzo wysokie. Była to najbardziej wszechstronna klęska, jakiej doświadczyła Armia Czerwona w jej historii. Zdecydowany opór stawiany pod Kijowem znacznie opóźnił jednak atak na Moskwę.
był już wrzesień I Zima szybko się zbliżała. Gdy wojska niemieckie posuwały się w głąb Związku Radzieckiego, linie zaopatrzeniowe stawały się dłuższe. Józef Stalin wydał instrukcje, że gdy Armia Czerwona zostanie zmuszona do wycofania się, powinna zniszczyć wszystko, co może być użyteczne dla wroga. Polityka spalonej ziemi i formowanie oddziałów partyzanckich za liniami frontu niemieckiego stwarzały poważne problemy dla niemieckiej machiny wojennej, która starała się utrzymać trzy miliony żołnierzy zaopatrzonych w niezbędną żywność i amunicję.
do października 1941 roku wojska niemieckie znajdowały się zaledwie piętnaście mil od Moskwy. Wydano rozkaz masowej ewakuacji miasta. W ciągu dwóch tygodni dwa miliony ludzi opuściło Moskwę i skierowało się na wschód. Stalin zebrał morale, pozostając w Moskwie. W schronach bombowych pod Kremlem Stalin, jako naczelny wódz, kierował radzieckimi działaniami wojennymi. Wszystkie główne decyzje podejmowane przez jego dowódców frontowych musiały zostać najpierw uzgodnione ze Stalinem.
w listopadzie 1941 roku armia niemiecka rozpoczęła nową ofensywę na Moskwę. Armia Radziecka wycofała się, a Niemcy zostali zatrzymani. Stalin wezwał do kontrataku. Jego dowódcy mieli wątpliwości co do tej polityki, ale Stalin nalegał i 4 grudnia Armia Czerwona zaatakowała. Niemcy, zdemoralizowani niedawnym brakiem sukcesów, zostali zaskoczeni i rozpoczęli odwrót. Do stycznia Niemcy zostali zepchnięci na 200 mil.
strategia wojskowa Stalina była w zasadzie dość prosta. Uważał, że niezwykle ważne jest atakowanie wroga tak często, jak to możliwe. Szczególnie chętnie wykorzystywał do tych ofensyw nowe, świeże oddziały. Stalin twierdził, że kraje Europy Zachodniej zostały pokonane przez własny strach przed wyższością Niemiec. Jego głównym celem w wykorzystywaniu nowych oddziałów w ten sposób było przekonanie ich, że siły niemieckie nie są niezwyciężone. Spychając armię niemiecką z powrotem pod Moskwę, Stalin udowodnił wojskom Radzieckim, że Blizkrieg może być kontratakowany; był również ważnym przykładem dla wszystkich oddziałów na całym świecie walczących z niemiecką machiną wojenną.
dzięki pomocy Stanów Zjednoczonych i Wielkiej Brytanii Związek Radziecki był w stanie zbudować Armię Czerwoną. Duże korpusy czołgów zostały zastąpione przez samodzielne brygady czołgów liczące około 90 czołgów. Pod koniec 1942 r. Armia Czerwona utworzyła Korpus Pancerny, w skład którego wchodziła jedna piechota zmotoryzowana i dwie brygady czołgów. Te nowe jednostki zostały wykorzystane do wykorzystania luk powstałych w wyniku zmasowanych ataków piechoty.
w lipcu 1943 r.Atak Armii Czerwonej przy użyciu 3000 czołgów pokonał armię niemiecką pod Kurskiem. Po tym następowały stałe radzieckie natarcia wzdłuż frontu wschodniego. Tempo sukcesu wzrosło, gdy alianci wylądowali w Normandii w czerwcu 1944 roku.
w 1945 r.Armia Czerwona wkroczyła do Niemiec. Obawiając się schwytania przez Sowietów i paradowania po ulicach w klatce, Adolf Hitler popełnia samobójstwo i 2 maja dowódca wojsk niemieckich w Berlinie poddał się.
w szczytowym okresie w Armii Czerwonej walczyło około 12,5 miliona mężczyzn i kobiet. Nie wiadomo, ilu zginęło, ale po podpisaniu pokoju rząd twierdził, że w czasie II wojny światowej zginęło ponad 20 milionów obywateli sowieckich.