jednym z powodów, dla których R stał się tak popularny, jest szeroki wachlarz pakietów dostępnych w repozytoriach cran i bioconductor. W ciągu ostatnich kilku lat liczba pakietów gwałtownie wzrosła!
jest to krótki post przedstawiający kroki, jak faktycznie zainstalować pakiety R. Załóżmy, że chcesz zainstalować pakiet ggplot2. Nic nie może być łatwiejsze. Po prostu odpalamy powłokę R i wpisujemy:
> install.packages („ggplot2”)
teoretycznie pakiet powinien po prostu zainstalować, jednak:
- Jeśli używasz Linuksa i nie masz dostępu do roota, to polecenie to nie zadziała.
- zostaniesz poproszony o wybranie lokalnego serwera lustrzanego, czyli serwera, z którego powinieneś pobrać pakiet.
Instalowanie pakietów bez dostępu roota
najpierw musisz wyznaczyć katalog, w którym będziesz przechowywać pobrane pakiety. Na moim komputerze korzystam z katalogu /data/Rpackages/ po utworzeniu katalogu pakietu, aby zainstalować pakiet, używamy polecenia:
> install.packages(„ggplot2”, lib="/data/Rpackages/")
> biblioteka(ggplot2, lib.loc=”/data/Rpackages/”)
jest to trochę ból konieczności wpisywania /data/Rpackages/ cały czas. Aby uniknąć tego obciążenia, tworzymy plik .Renviron w naszym obszarze domowym i dodajemy do niego linię R_LIBS=/data/Rpackages/. Oznacza to, że przy każdym uruchomieniu R, katalog /data/Rpackages/ jest dodawany do listy miejsc, w których można szukać pakietów R i tak:
> install.packages("ggplot2")
> biblioteka(ggplot2)
Po prostu działa!
Ustawianie repozytorium
za każdym razem, gdy instalujesz pakiet R, jesteś pytany, którego repozytorium r powinno być używane. Aby ustawić repozytorium i uniknąć konieczności określania tego przy każdej instalacji pakietu, po prostu:
- Utwórz plik
.Rprofilew swoim obszarze domowym. - Dodaj do niego następujący fragment kodu:
cat(„.Rprofile: Setting UK repositoryn”)
r = getOption („repos”) # hard code the UK repo for CRAN
r = „http://cran.uk.r-project.org ”
options(repos = r)
rm(r)
znalazłem tę wskazówkę w odpowiedzi na stackoverflow .
