założyciel Andrew Wilson został zainspirowany słynnymi wycieczkami kaczek w Wisconsin Dells w stanie Wisconsin . Firma rozpoczęła prowadzenie tours w Bostonie z czterema kaczkami, a obecnie prowadzi flotę 28. Pierwsze miejsce wyjazdu było na Long Wharf przed New England Aquarium. W 1997 roku operacja Boston Duck Tours została przeniesiona do dzielnicy Back Bay w Bostonie w Prudential Center. W 2002 roku Boston Duck Tours otworzyło drugie miejsce odjazdu i sprzedaży biletów W Muzeum Nauki. W 2009 roku Boston Duck Tours otworzyło trzecie miejsce odlotu i sprzedaży biletów W New England Aquarium. Boston Duck Tours przewozi około 600 000 pasażerów rocznie.
w 2002 roku kaczki Boston Duck Tour zostały po raz pierwszy użyte jako pojazdy paradne dla New England Patriots po tym, jak Patriots wygrali Super Bowl XXXVI nad St.Louis Rams. Od tego czasu, Boston Duck Tour Ducks uczestniczyli w 12 zawodowych Mistrzostw sportowych parady w Bostonie. Było sześć dla New England Patriots (2002, 2004, 2005, 2015, 2017, 2019), four for the Boston Red Sox (2004, 2007, 2013, 2018), jeden dla Boston Celtics (2008) i jeden dla Boston Bruins (2011). Ponieważ parady te stały się częstym zjawiskiem od 2002 roku, „Cue The Duck Boats” stało się popularnym powiedzeniem w Bostonie wśród fanów sportu w mieście. Duck Boats zostały po raz pierwszy zaplanowane do użycia dla New England Patriots w 1997 roku, jednak nie wygrały Super Bowl XXXI. Podczas gdy większość tras parady na przestrzeni lat składała się z Dukwów przebywających na lądzie, niektóre z nich poruszały się zarówno po ziemi, jak i po rzece Charles.
w 2010 roku firma Boston Duck Tours została poproszona o pomoc w transporcie ofiar powodzi w Wayland, MA. Ulewne deszcze pozostawiły obszar Wyspy Pelham w Wayland odizolowany, a kaczki zostały sprowadzone, aby przewozić ludzi do iz ich okolicy, dopóki wody nie ustąpiły.
w dniu 7 sierpnia 2014 roku Boston Duck Tours wycofało swój ostatni pozostały oryginalny DUKW z regularnych wycieczek po II Wojnie Światowej. Od 2015 roku wszystkie regularne wycieczki są prowadzone na replikach DUKWs, które są większe i łatwiejsze do naprawy niż oryginalne pojazdy, i działają na bio-dieslu.