Europa (2009-2013)Edit
29 maja 2009 roku Baynes podpisał dwuletni kontrakt z Lietuvos Rytas z Litewskiej Ligi Koszykówki. W lipcu 2009 roku grał w drużynie letniej ligi Los Angeles Lakers. Po sezonie 2009-10 rozstał się z Lietuvos Rytas.
15 lipca 2010 roku Baynes podpisał dwuletni kontrakt z EWE Baskets Oldenburg z niemieckiej Bundesligi koszykarskiej. W 40 meczach dla Oldenburga w latach 2010-11 zdobywał średnio 6,8 punktu i 3,7 zbiórki na mecz. 29 czerwca 2011 rozstał się z Oldenburgiem.
24 sierpnia 2011 roku Baynes podpisał roczny kontrakt z Ikarosem Kallitheasem z greckiej Basket Ligi.
1 sierpnia 2012 roku Baynes podpisał roczną umowę z Unią Olimpija ze Słoweńskiej Ligi Koszykówki. 5 stycznia 2013 rozegrał swój ostatni mecz dla Olimpiji, po czym opuścił zespół w pogoni za kontraktem z NBA.
San Antonio Spurs (2013-2015)Edit
23 stycznia 2013 roku Baynes podpisał kontrakt z San Antonio Spurs. W swoim drugim meczu NBA, Baynes zanotował siedem punktów, dziewięć zbiórek i jeden blok w wygranej 102-78 nad Charlotte Bobcats. W sezonie 2012-2013 był wielokrotnie przydzielany do Austin Toros z NBA Development League. Swój pierwszy start w NBA zaliczył w meczu 4 rundy Play-off Spurs przeciwko Los Angeles Lakers i otrzymał zadanie obrony Dwighta Howarda. Spurs dotarli do finałów NBA w 2013 roku, ale przegrali serię w siedmiu meczach z Miami Heat.
1 grudnia 2013 roku Baynes został przeniesiony do Austin Toros. Został odwołany 2 grudnia, przeniesiony do służby 8 grudnia i ponownie odwołany 9 grudnia. 6 maja 2014 roku zanotował rekordową liczbę 10 punktów i siedem zbiórek w wygranym 116-92 meczu z Portland Trail Blazers w pierwszym meczu półfinału Konferencji Zachodniej. Baynes pomógł Spurs pokonać Miami Heat 4-1 w finale NBA w 2014 roku, zdobywając swoje pierwsze mistrzostwo NBA.
26 września 2014 roku Baynes ponownie podpisał kontrakt ze Spurs. 20 grudnia 2014 roku zdobył najwyższe w karierze 16 punktów, startując w miejsce Tima Duncana w przegranym 99-93 meczu z Dallas Mavericks. W dniach 1 kwietnia 2015 i 3 kwietnia 2015 Baynes rozgrywał mecze o 18 punktów.
Detroit Pistons (2015-2017)Edit
12 lipca 2015 roku Baynes podpisał kontrakt z Detroit Pistons. 19 marca 2016 zdobył 21 punktów w wygranym 115-103 meczu Z Brooklyn Nets.
14 listopada 2016 roku Baynes zdobył 20 punktów przeciwko Oklahoma City Thunder, startując w miejsce Andre Drummonda. 19 marca 2017 roku Baynes zdobył 17 zbiórek i 13 punktów w wygranym 112-95 meczu z Phoenix Suns.
Boston Celtics (2017-2019)Edit
19 lipca 2017 roku Baynes podpisał kontrakt z Boston Celtics. W meczu przeciwko Charlotte Hornets, Baynes kontuzjował kolegę z drużyny Celtics i bramkarza star point Kyrie Irvinga. 8 listopada 2017 roku zdobył 21 punktów w wygranym 107-96 meczu z Los Angeles Lakers. W finale sezonu regularnego 11 kwietnia 2018, Baynes poprowadził drużynę Boston z najlepszymi w karierze 26 punktami i 14 zbiórkami w wygranym 110-97 meczu Z Brooklyn Nets.
7 lipca 2018 roku Baynes ponownie podpisał kontrakt z Celtics. 19 grudnia 2018 w przegranym 111-103 meczu z Phoenix Suns, Baynes złamał kość w lewej ręce. Następnie wykluczono go na cztery do sześciu tygodni. Do akcji powrócił 16 stycznia 2019 przeciwko Toronto Raptors. 3 lutego został odsunięty na bok z kontuzją lewej stopy.
Phoenix Suns (2019-2020)Edit
6 lipca 2019 roku Baynes wraz z prawami draftu do Ty Jerome został wymieniony do Phoenix Suns na chroniony wybór w pierwszej rundzie 2020. Po tym, jak Deandre Ayton został zawieszony na 25 meczów z powodu zażywania narkotyków 24 października, Baynes awansował do roli centrum wyjściowego zespołu w tym okresie. 30 października Baynes zanotował 24 punkty, 12 zbiórek i 7 asyst w wygranym 121-110 meczu z Golden State Warriors. 6 marca 2020 roku Baynes zdobył 37 punktów i zaliczył dziewięć rzutów za trzy punkty, w obu przypadkach zdobywając 16 zbiórek, w wygranym 127-117 meczu z Portland Trail Blazers. Nie tylko wyrównał rekord franczyzy dla większości rzutów za trzy punkty w grze pojedynczej, ale także dołączył do Jamesa Hardena jako jedyny inny gracz, który zanotował 35+ punktów, 15+ zbiórek i 9 rzutów za trzy punkty w grze pojedynczej.
w dniu 23 czerwca 2020 roku Suns poinformowali, że dwóch z ich własnych graczy miało pozytywny wynik na COVID-19. W wywiadzie udzielonym 22 lipca, Baynes ujawnił się jako jeden z dwóch graczy, którzy przeprowadzili pozytywny test na obecność wirusa COVID-19. W przeciwieństwie do swojego drugiego kolegi z drużyny, który miał pozytywny wynik, Baynes powrócił do Drużyny w NBA Bubble 2020 aż do zakończenia meczów, upewniając się, że całkowicie testował na obecność wirusa przed wejściem do bańki. Z powodu późnego wejścia na boisko i późniejszego okresu kwarantanny nie był w stanie zagrać 31 lipca przeciwko Washington Wizards. Po wyleczeniu z wirusa, Baynes został później zdiagnozowany z kontuzją prawego kolana, pozostawiając go poza działaniem na resztę wznowionego sezonu regularnego. Pomimo braku akcji przez większość gry, Baynes był uważany za oczywistego do gry dla zespołu ostatni mecz w sezonie, ale zdecydował się na to pomimo blowout 128-102 zwycięstwo nad Dallas Mavericks, kończąc wznowiony sezon z rekordem 8-0.
Toronto Raptors (2020–obecnie)Edit
22 listopada 2020 roku Baynes podpisał dwuletni kontrakt wart 14,3 miliona dolarów z Toronto Raptors. Podpisanie umowy zostało oficjalnie ogłoszone przez Raptors 25 listopada. 31 stycznia 2021 roku Baynes zdobył 8 punktów i 16 zbiórek w wygranym 115-102 meczu z Orlando Magic.