Később munka, részvétel a Marvel Filmes Univerzum
a munka Után Marvel hivatalos minőségben közel 60 éve, Lee kezdett folytatni más projektek, valamint az 1999-ben alapított Stan Lee a Média, az Internet szórakoztató társaság köré épült az alkotásai. Végül a Marvel szerepe emeritus elnökévé vált. Lee új cége jól teljesített az első projektjével, a 7.Portal nevű animációs online sorozattal, amelyben idegenek jelentek meg, akik egy “7. portálon”—az Interneten keresztül lépnek be a földre. A kezdeti sikerek után azonban a céget számos per és korrupciós vád érte. 2001 februárjában csődöt jelentett. 2004-ben megalapították a Pow Entertainment-et Lee különféle új karakterei és franchise-i számára. Ő és partnerei 2017-ben adták el a céget.
Copyright © 2005 Twentieth Century Fox Film Corporation and Marvel Entertainment
Film adaptációk a Lee cocreated sorozata alapján rendkívül sikeresek voltak. Az X-Men (2000) és a Spider-Man (2002) olyan blockbuster franchise-okat indított, amelyek világszerte több milliárd dolláros bevételt szereztek. A hollywoodi kezelést kapó Lee egyéb alkotásai a Daredevil (2003), a Hulk (2003) és az Iron Man (2008) voltak. Lee gyakran szerepelt cameo szerepekben ezekben a filmekben, ez a hagyomány folytatódott, miután a Disney 2009-ben megvásárolta a Marvelt. A Marvel filmek áradása követte az akvizíciót, beleértve a Lee-Kirby alkotásokon alapuló alkotásokat is, mint például Thor (2011), The Avengers (2012), and Ant-Man (2015). Lee cameói a Marvel Cinematic Universe rajongói kedvencévé váltak-ahogy a filmek közös világa ismertté vált -, és végül több tucat Marvel-filmben, televíziós show-ban és videojátékban jelent meg. Rövid szerepe a Guardians of the Galaxy Vol. 2 (2017) tisztázta, hogy Lee valójában ugyanazt a karaktert ábrázolja mindegyik megjelenésben, visszatérő szerepe pedig a Marvel univerzum eseményeinek krónikása volt. Lee 2002 novemberében 10 millió dolláros pert indított a Marvel ellen, miután nem kapott nyereséget az első Pókember-filmből, és 2005-ben a bíróság Lee javára döntött.
más médiában végzett munkája mellett Lee képregényekről és saját életéről is könyvet írt. Megjelent művei közé tartozik a Marvel Comics (1974), az Excelsior!: Stan Lee (2002) és Stan Lee csodálatos élete, valamint az amerikai képregény (2003) felemelkedése és bukása. 2008-ban országos Művészeti érmet kapott.