Guadalajara története kezdődött a hódítás Mexikó Spanyolország. 1532-ben megalapították Guadalajara első települését, a Mesa del Cerro-t (mai nevén Nochistlan, Zacatecas). A területet Cristobal de Onate rendezte be, és Nuno de Guzman megbízta azzal, hogy biztosítsa a legutóbbi spanyol hódításokat és védje meg az őslakos törzseket. A település vízhiány miatt 1533-ban feloszlott, és a mai Tonala közelében fekvő helyre költöztették. Négy évvel később Guzman elrendelte a falu újbóli áthelyezését, ezúttal Tlacotanba. Végül, 1542.február 14-én Guadalajara városát a jelenlegi helyén alapították.
Guadalajara neve az Arab “Wad-al hidjara” szóból származik, jelentése “folyó, amely sziklák között fut.”
az Egész 17-én vagy 18-án évszázadok, Guadalajara növelte vagyonát, befolyását importáló az árut a Csendes-óceán partján, majd kiosztod az egész Mexikó. A régió nagyobb stabilitást ért el azzal is, hogy békés településeket tárgyalt az őslakos törzsekkel.
1791-ben a Guadalajara egyetemet alapították a városban, amely akkoriban Nueva Galicia állam fővárosa volt. Az avatást 1792-ben tartották. Guadalajara 1824.május 27-én vált az új Jalisco állam fővárosává, miután Mexikó függetlenségi háborút indított Spanyolországtól.
Guadalajara virágzott a 19.században. A kis méretű iparágak fejlődni kezdtek, sokan Európából érkező bevándorlók kezdték. A vasútvonalakat úgy alakították ki, hogy Guadalajarát összekapcsolják a Csendes-óceán partjával és észak felé az Egyesült Államokkal, ami lehetővé tette a régióból származó mezőgazdasági termékek piacokra történő szállítását. A gazdálkodás akkoriban a térség gazdaságának nagyon fontos részévé vált.
az 1930-as évektől kezdve Guadalajara jelentős növekedésnek indult, és az 1960-as évekre meghaladta az 1 millió embert. az 1970-es évekre a város csak Mexikóvárosig volt második a népességben.
Guadalajara esett át egy nagy átalakulás az 1950-es években, cseréje elavult épületek modern építészet, ami szélesebb utcán a járókelőket, hozzátéve, földalatti parkolók, valamint új bevásárló központok. A bölcs városatyák megtartották a ma látható gyönyörű régi épületeket, amelyek Guadalajara történelmét és karakterét ábrázolják.
1992-ben súlyos katasztrófa sújtotta a várost, amikor Guadalajara jelentős gázrobbanást tapasztalt a csatornarendszerben, amely 206 embert ölt meg, közel 500-at megsebesített, és 15 000 hajléktalant hagyott el. A károkat közel 1 milliárd dollárra becsülték.
ma a Guadalajara 4,4 millió lakosú, élénk, elektromos és elektronikai termékekre, valamint sörgyártásra épülő gazdasággal rendelkező nagyvárosi terület. A várost Mexikó Szilícium-völgyének hívják, és számos csúcstechnológiai cégnek ad otthont, mint például az IBM, a Kodak, a General Electric, a Dell, a Hewlett Packard, a Siemens, a Flextronics, a Gateway, a Hitachi, a Solectron és mások.