Mohammad Ayub Khan (s.14. toukokuuta 1907 Hazāra, Intia—kuoli 19. huhtikuuta 1974 Islāmābādin lähellä Pak.) oli Pakistanin presidentti vuosina 1958-1969, jonka valtakausi merkitsi kriittistä aikaa maansa modernille kehitykselle.
opiskeltuaan Intian Uttar Pradeshissa sijaitsevassa Alīgarhin Muslimiyliopistossa ja Sandhurstissa sijaitsevassa Britannian kuninkaallisessa sotilasakatemiassa Ayub Khan sai upseerin arvon Intian armeijassa (1928). Toisessa maailmansodassa hän oli rykmentin vänrikkinä Burmassa (Myanmar) ja komensi pataljoonaa Intiassa. Brittiläisen Intian jaon jälkeen 1947 hänet ylennettiin nopeasti Pakistanin uuden muslimivaltion armeijassa: kenraalimajurista (1948) ylipäälliköksi (1951). Lisäksi Ayubista tuli lyhyeksi aikaa puolustusministeri (1954).
useiden vuosien poliittisen sekasorron jälkeen Pakistanin presidentti Iskander Mirza kumosi vuonna 1958 armeijan tuella perustuslain ja nimitti Ayubin sotatilalain päähallitsijaksi. Pian tämän jälkeen Ayub oli julistautunut presidentiksi ja Mirza karkotettiin. Ayub organisoi hallinnon uudelleen ja toimi talouden palauttamiseksi maatalouden uudistusten ja teollisuuden elvyttämisen avulla. Myös ulkomaisia investointeja kannustettiin.
Ayub esitteli ”perusdemokratioiden” järjestelmän vuonna 1960. Se koostui paikallisten itsehallintoelinten verkostosta, joka tarjosi yhteyden hallituksen ja kansan välille. Paikallisasioita hoitamaan perustettiin primaarihallinto, jonka jäsenet valittiin 800-1 000 aikuisen vaalipiireistä. Kansallinen kansanäänestys kaikkien valittujen kesken vahvisti Ayubin presidentiksi. Hänet valittiin uudelleen tässä järjestelmässä vuonna 1965, kun Pakistanin luojan Mohammed Ali Jinnahin sisaren Fatima Jinnahin taakse yhdistynyt oppositio haastoi hänet voimakkaasti.
kun Yhdysvallat alkoi aseistaa Intiaa uudelleen Kiinan hyökättyä Pohjois-Intiaan vuonna 1962, Ayub solmi läheiset suhteet Kiinaan ja sai siltä merkittävää sotilaallista apua. Samaan aikaan Pakistanin kiista Intian kanssa Jammusta ja kashmirista paheni ja kärjistyi sodan syttymiseen vuonna 1965. Kaksi viikkoa kestäneiden taistelujen jälkeen molemmat osapuolet suostuivat YK: n kutsumaan tulitaukoon ja päätyivät rajaratkaisuun.
Kashmirin valtaamisen epäonnistuminen yhdistettynä opiskelijalevottomuuksiin äänioikeusrajoituksista kiihdytti sisäistä kuohuntaa niin, että vuoden 1968 lopussa Ayub ilmoitti, ettei asetu uudelleen ehdolle. Mellakat jatkuivat, ja hän erosi virastaan 26. maaliskuuta 1969 armeijan ylipäällikön kenraali Yahya Khanin seuraajaksi.