ensimmäisen kerran Edward Nelson ja Edward Goldman kuvailivat Meksikonsuden erilliseksi alalajiksi vuonna 1929 sen pienen koon, kapean kallon ja tumman nahan vuoksi. Tämä susi on tunnustettu Canis lupuksen alalajiksi ”taxonomic authority Mammal Species of the World” – julkaisussa (2005). Vuonna 2019 National Academies of Sciences, Engineering, and Medicine toteutti kirjallisuuskatsauksen aiemmista tutkimuksista. Kansallisakatemioiden kanta on, että Meksikonsuden Historiallinen populaatio edustaa erillistä harmaasuden evolutiivista sukua, ja että nykyiset Meksikonsudet ovat niiden suoria jälkeläisiä. Se on kelvollinen taksonominen alalaji, joka on luokiteltu ”Canis lupus baileyi” – alalajiksi.
Lineagedit
Harmaasudet (Canis lupus) vaelsivat Euraasiasta Pohjois–Amerikkaan 70 000-23 000 vuotta sitten ja synnyttivät ainakin kaksi morfologisesti ja geneettisesti erillistä ryhmää. Toista ryhmää edustavat sukupuuttoon kuollut Beringiansusi ja toista nykyiset populaatiot. Eräs kirjoittaja esittää, että Meksikon suden esi-isät olivat todennäköisesti ensimmäiset Harmaat sudet, jotka ylittivät Beringinmaan sillan Pohjois-Amerikkaan myöhäisellä Pleistoseenilla Beringinsuden sukupuuton jälkeen ja asuttivat suurimman osan mantereesta, kunnes vasta saapuneet C. L. nubiluksen esi-isät työnsivät sen etelään.
haplotyyppi on eliössä tavattava geeniryhmä, joka periytyy yhdessä yhdeltä vanhemmaltaan. Mitokondriaalinen DNA (MDNA) kulkee äitilinjaa pitkin ja voi ajoittua tuhansia vuosia taaksepäin. Vuonna 2005 tehdyssä tutkimuksessa verrattiin nykyisten susien mitokondrio-DNA-sekvenssejä kolmestakymmenestäneljästä näytteestä peräisin oleviin, vuosien 1856 ja 1915 välisenä aikana tehtyihin DNA-sekvensseihin. Historiallisella populaatiolla havaittiin olevan kaksinkertainen geneettinen monimuotoisuus nykyisiin susiin verrattuna, mikä viittaa siihen, että Yhdysvaltain länsiosista hävitettyjen susien mDNA-monimuotoisuus oli yli kaksinkertainen nykyiseen populaatioon verrattuna. Joidenkin Meksikonsuden, sukupuuttoon kuolleen Suurten tasankojen suden ja sukupuuttoon kuolleen etelän Kalliovuorten suden hallussa olleiden haplotyyppien havaittiin muodostavan ainutlaatuisen ”etelän kladin”. Kaikki pohjoisamerikkalaiset sudet ryhmittyvät yhdessä Euraasiasta kotoisin olevien susien kanssa, lukuun ottamatta eteläisiä kladeja, jotka muodostavat Pohjois-Amerikkaan rajoittuvan ryhmän. Etelänkladin laaja levinneisyysalue osoittaa, että geenivirta oli laaja sen alalajien tunnustettujen rajojen yli.
vuonna 2016 sekä nykyisten että muinaisten susien mitokondrio-DNA-sekvenssejä selvittänyt tutkimus tuotti fylogeneettisen puun, jonka mukaan kaksi pohjoisamerikkalaisinta haplotyyppiä olivat Meksikonsusi ja Vancouverinsaaren susi.
vuonna 2018 tehdyssä tutkimuksessa tarkasteltiin nykyisten ja fossiilisten pohjoisamerikkalaisten susien raajamorfologiaa. Hirvisuden, Beringiansuden ja useimpien nykyisten pohjoisamerikkalaisten harmaasusien suuret raajaluut voidaan erottaa selvästi toisistaan. Myöhäisen pleistoseenin sudet Laurentiden jäätikön molemmin puolin-Cordilleranin jäätiköllä oli lyhyemmät jalat verrattuna useimpiin nykyisiin susiin. Myöhään Pleistoseenilla eläneet sudet luonnollisesta Ansaluolasta, Wyomingista ja Rancho La Breasta, Etelä-Kaliforniasta muistuttivat raajamorfologialtaan Alaskan Beringiansusia. Nykyajan sudet Keskilännessä Yhdysvalloissa ja luoteisessa Pohjois-Amerikassa omaavat pidemmät jalat, jotka kehittyivät holoseenin aikana, mahdollisesti hitaampien saaliiden häviämisen seurauksena. Lyhyemmät jalat säilyivät kuitenkin hyvin Holoseenille suuren osan pleistoseenin megafaunan, muun muassa Beringiansuden, sukupuuton jälkeen. Holoseenisudet Middle Butte Cave (päivätty alle 7600 YBP) ja Moonshiner Cave (päivätty yli 3000 YBP) Binghamin piirikunnassa, Idahossa olivat samanlaisia kuin Beringiansudet. Meksikonsusi ja ennen vuotta 1900 otetut Suurten tasankojen suden (Canis lupus nubilus) näytteet muistuttivat myöhäistä Pleistoseenia ja holoseenin fossiilisia harmaasusia lyhyempien jalkojensa vuoksi.
risteytyminen kojoottien ja punasuden kanssa
kallo
toisin kuin itäiset sudet ja punasudet, harmaasusi harvoin risteytyy luonnossa kojoottien kanssa. Suoria risteytyksiä kojoottien ja harmaasusien välillä ei koskaan havaittu. Kojoottien molekyyligenetiikkaa sekä Teksasista tulleiden historiallisten punasusien ja Meksikonsusien näytteitä analysoineessa tutkimuksessa on kuitenkin löydetty muutamia kojoottien geenimerkkejä joidenkin yksittäisten meksikolaisten susien historiallisista näytteistä. Samoin harmaasuden Y-kromosomeja on löydetty myös muutamalta yksittäiseltä teksasinkojoottiurokselta. Tämä tutkimus osoitti, että vaikka Meksikon harmaasusi on yleensä vähemmän altis risteytyksille kojoottien kanssa kuin punasusi, muutamien yksittäisten harmaasusien välillä on saattanut olla poikkeuksellista geneettistä vaihtoa teksasilaisten kojoottien kanssa historiallisista jäänteistä ennen kuin populaatio hävitettiin kokonaan Teksasissa. Sama tutkimus kuitenkin myös vastusti tätä teoriaa vaihtoehtoisella mahdollisuudella, että se saattoi olla punasudet, jotka vuorostaan myös kerran päällekkäin molempien lajien kanssa Keski-Texasin alueella, jotka olivat mukana kiertämässä geenivirtoja kojoottien ja harmaasusien välillä paljolti samalla tavalla kuin itäisen suden epäillään yhdistäneen geenivirtoja harmaasusien ja kojoottien välillä suurten järvien alueella, koska kojoottien ja harmaasusien välisiä suoria risteytyksiä pidetään harvinaisina.
testeissä, jotka tehtiin näytteelle, joka oli otettu täytetystä ruhosta, joka oli alun perin merkitty chupacabraksi, Texasin osavaltionyliopiston professori Michael Forstnerin tekemä mitokondrio-DNA-analyysi osoitti, että kyseessä oli kojootti. Kalifornian yliopiston eläinlääketieteellisen genetiikan laboratorioryhmän myöhemmässä analyysissä Davis kuitenkin päätteli, että sukupuolikromosomien perusteella koiras oli kojootti–susi-risteymä, jonka on siittänyt koiras Meksikolaissusi. On arveltu, että hybridieläintä vaivasi sarkoptinen syyhy, mikä selittäisi sen karvattoman ja sinertävän ulkonäön.
vuonna 2018 tehdyssä tutkimuksessa, jossa analysoitiin susikantoja, joilla epäiltiin olleen aiempia yhteisvaikutuksia kotieläiminä pidettyjen koirien kanssa, ei löytynyt näyttöä koiran merkittävästä sekoittumisesta Meksikon suteen. Samana vuonna julkaistiin PLOS Genetics-lehdessä toinen tutkimus, jossa analysoitiin harmaasusien ja kojoottien populaatiogenomiikkaa eri puolilta Pohjois-Amerikkaa. Tässä tutkimuksessa havaittiin kojoottisidosten esiintymisiä eri läntisissä harmaasusipopulaatioissa, joissa kaikissa aiemmin luultiin olevan kojoottisidos, ja havaittiin, että Meksikon sudet kantavat 10% kojoottisidosta. Tutkimuksen tekijä arvelee myös, että kojooteista saadulla lisäyksellä on saattanut olla osuutta myös tämän alalajin tyvifylogeneettiseen sijoittumiseen.