julkkisparien suhteen Lin-Manuel Mirandalla ja hänen vaimollaan Vanessa Nadalilla on varmasti yksi suloisimmista rakkaustarinoista. Ennen läpimurtoaan Broadwaylla Hamiltonin kanssa Lin-Manual tapasi lakimiehen ollessaan vielä lukiossa. Vaikka hän oli ihastunut häneen, hän ei uskaltanut puhua hänelle. ”Hän oli upea ja olen tunnetusti huono puhumaan viehättävinä pitämilleni naisille”, hän kertoi New York Timesille vuonna 2010. ”Minulla on täydellinen puute peli.”Vaikka nämä kaksi erosivat mennessään eri collegeihin-Lin-Manual meni Wesleyanin yliopistoon, kun taas Vanessa meni MIT: hen-he lopulta löysivät tiensä takaisin toistensa luo.
kesällä 2005 Lin-Manual löysi Vanessan Facebookista ja kutsui tämän Freestyle Love Supreme-show ’ hun. Saatuaan puhelinnumeronsa ystävältään Lin-Manuel kutsui hänet toiseen näyttelyyn, jossa hän lopulta voitti hänet puolelleen freestyling-taidoillaan. ”Kun hän tuli lavalle, ajattelin, että pidän todella tästä tyypistä”, hän kertoi New York Timesille. ”Hän oli siellä freestyling ja kudonta riimejä yhdessä. Aika vaikuttavaa. Hän on todella fiksu.”
vastaavasti Lin-Manual oli vaikuttunut siitä, kuinka itsevarma Vanessa oli. ”Hän tietää olevansa huippu”, mies kertoi New York Timesille. ”Hän on kaunis, mutta ei turhamainen. Hän on fiksu, muttei ylimielinen. Kaikki on tappavaa, ei täyteainetta.”Lopulta hän kutsui Vanessan luokseen pelaamaan Grand Theft Autoa, katsomaan JAY-Z: n elokuvaa ja kuuntelemaan Marc Anthonya, ja loppu on aika lailla historiaa.
syyskuussa 2010 kaksikko solmi solmun vastaanotolla, jossa Lin-Manuel lauloi Fiddler on the Roof-yhtyeen kappaleen ”To Life”. Sen lisäksi, että pari esittelee rakkauttaan punaisella matolla aika ajoin, he ovat onnellisia kahden lapsen vanhempia. He toivottivat esikoispoikansa Sebastianin tervetulleeksi marraskuussa 2014 ja toisen poikansa Franciscon tervetulleeksi helmikuussa 2018. Pidä lukea joitakin heidän söpöin kuvia yhdessä.