perustaja Andrew Wilson sai inspiraationsa kuuluisista ankkaretkistä Wisconsin Dellsissä, Wisconsinissa. Yhtiö aloitti kiertueet Bostonissa neljän Ducksin kanssa ja johtaa nyt laivastoa 28. Ensimmäinen lähtöpaikka oli Long Wharfilla New England Aquarium-akvaarion edessä. Vuonna 1997 Boston Duck Toursin toiminta siirrettiin Bostonin Back Bayn kaupunginosaan Prudential Centeriin. Vuonna 2002 Boston Duck Tours avasi toisen lähtö-ja lipunmyyntipaikan Museum of Science-museoon. Vuonna 2009 Boston Duck Tours avasi kolmannen lähtö-ja lipunmyyntipaikan New England Aquariumiin. Boston Duck Tours kuljettaa vuosittain noin 600 000 matkustajaa.
A Boston Duck Tour DUKW Charles-joella
vuonna 2002 Boston Duck Tour Ducksia käytettiin ensimmäisen kerran New England Patriotsin paraatikalustona sen jälkeen, kun Patriots voitti Super Bowl XXXVI: n St. Louis Ramsista. Sen jälkeen Boston Duck Tour Ducks on osallistunut 12 ammattilaisurheilun mestaruusparaatiin Bostonissa. New England Patriotsilla on ollut kuusi.(2002, 2004, 2005, 2015, 2017, 2019), neljä Boston Red Soxille (2004, 2007, 2013, 2018), Yksi Boston Celticsille (2008) ja yksi Boston Bruinsille (2011). Näiden paraatien tultua yleisiksi vuodesta 2002 lähtien” Cue The Duck Boatsista ” on tullut suosittu iskulause Bostonissa kaupungin urheilufanien keskuudessa. Duck-veneitä suunniteltiin ensimmäisen kerran käytettäväksi New England Patriotsiin vuonna 1997, mutta joukkue ei voittanut Super Bowl XXXI: tä. Vaikka suuri osa paraatireiteistä vuosien varrella koostui herttuakuntien majoittumisesta, osassa herttuakunnat kulkivat sekä maata että Charlesjoen yli.
vuonna 2010 Boston Duck Toursia pyydettiin auttamaan tulvien uhrien kuljettamisessa Waylandissa, MA. Rankkasateet olivat jättäneet Pelham Islandin Waylandin alueen eristyksiin ja ankat tuotiin lauttaamaan ihmisiä asuinalueelleen ja pois, kunnes vedet väistyivät.
elokuun 7.päivänä 2014 Boston Duck Tours peruutti viimeisen jäljellä olevan alkuperäisen toisen maailmansodan DUKW: n säännöllisesti järjestetyiltä kiertueilta. Vuodesta 2015 kaikki säännölliset matkat suoritetaan replica Dukes, jotka ovat suurempia ja helpompi korjata kuin alkuperäiset ajoneuvot, ja ajaa bio diesel.