osasyynä R: n suosioon on cran-ja biojohdinvarastojen laaja valikoima paketteja. Viime vuosina pakettien määrä on kasvanut räjähdysmäisesti!
Tämä on lyhyt viesti, jossa annetaan ohjeita siitä, miten R-paketteja todella asennetaan. Oletetaan, että haluat asentaa ggplot2-paketin. Mikään ei voisi olla helpompaa. We just fire up an R shell and type:
>install.paketit (”ggplot2”)
teoriassa paketin pitäisi vain asentaa, kuitenkin:
- Jos käytät Linuxia eikä sinulla ole pääkäyttäjän käyttöoikeutta, tämä komento ei toimi.
- sinua pyydetään valitsemaan paikallinen peilisi, eli mitä palvelinta sinun tulisi käyttää paketin lataamiseen.
asennettaessa paketteja, joilla ei ole pääkäyttäjän käyttöoikeutta
ensin tulee määrittää hakemisto, johon ladatut paketit tallennetaan. Koneellani käytän hakemistoa /data/Rpackages/ pakettiluettelon luomisen jälkeen paketin asentamiseen käytämme komentoa:
>install.paketit (”ggplot2” , lib="/data/Rpackages/")
>kirjasto(ggplot2, lib.loc=”/data/Rpackages/”)
on vähän tuskaa joutua kirjoittamaan /data/Rpackages/ koko ajan. Tämän taakan välttämiseksi luomme kotiseudullemme tiedoston .Renviron ja lisäämme siihen rivin R_LIBS=/data/Rpackages/. Tämä tarkoittaa sitä, että aina kun R käynnistyy, R-pakettien hakupaikkojen listaan lisätään Hakemisto /data/Rpackages/> install.packages("ggplot2")
>>kirjasto(ggplot2)
just works!
arkiston asettaminen
aina kun asennat R-paketin, sinulta kysytään, mitä arkistoa R: n tulisi käyttää. Jos haluat määrittää arkiston ja välttää tämän määrittelyn jokaisessa pakettien asennuksessa, voit luoda tiedoston
- Luo tiedosto
.Rprofilekotialueellasi. - lisää siihen seuraava koodinpätkä:
cat(”.Rprofile: Setting UK repositoryn”)
r = getOption(”repos”) # hard code the UK repo for CRAN
r = ”http://cran.uk.r-project.org”
options(repos = r)
rm(r)
löysin tämän vinkin stackoverflow-vastauksesta .
