Den Røde Hær indeholdt også politiske kommissærer, hvis rolle det var at sikre loyalitet over for Joseph Stalin og hans regering. Ofte skabte medlemmer af NKVD, det sovjetiske hemmelige politi, tilstedeværelsen af politiske kommissærer en ineffektiv dualitet af feltkommando.ved udbruddet af Anden Verdenskrig i 1939 havde Den Røde Hær anslået 1.800.000 mand i sine rækker, hvoraf en fjerdedel var stationeret i Fjernøsten.i November 1939 invaderede den Røde Hær Finland. Marshall Carl Mannerheim, øverstkommanderende for den finske hær, var i stand til at blokere den sovjetiske fremrykning ved Kemijarvi og Karelske. Det var først i foråret 1940, at den 7.og 13. hær ledet af General Kiril Meretsokov var i stand til at bryde igennem det finske forsvar.
Finland aftalte fredsbetingelser den 13.marts 1940. Krigen kostede sovjetterne 200.000 mand, 700 fly og 1.600 kampvogne. Joseph Stalin kom nu til den konklusion, at Den Røde Hær ikke var i stand til at kæmpe en større krig og hjalp med at bekræfte sin opfattelse af, at det var meget vigtigt at undgå en krig med Tyskland så længe som muligt. Den sovjet-finske krig overbeviste også Adolf Hitler om, at den tyske hær let ville slå den Røde Hær, når krigen til sidst fandt sted.
efter krigen med Finland Stalin steg hurtigt i størrelse af Den Røde Hær. I 1941 var det vokset til 3 millioner mænd (300 divisioner). De fleste af mændene tjente i umekaniserede riffeldivisioner. Infanteriet blev støttet af hestetrukket artilleri og kavaleriet. Over halvdelen af soldaterne i Den Røde Hær var stationeret i vest mod de meget mindre tyske styrker.
Den Røde Hær havde også to nye tankkorps. Dette omfattede KV og Ruslands nye “shellproof” tank, T-34. Tanken var forsynet med skrå rustning for at afbøje skaller, der blev svejset i stedet for nittet. Udstyret med en kraftig dieselmotor var dens vigtigste bevæbning en 76 mm pistol med høj hastighed.
den 21. juni 1941 forlod en tysk sergent til de sovjetiske styrker. Han meddelte dem, at den tyske hær ville angribe ved daggry den følgende morgen. Joseph Stalin var tilbageholdende med at tro på soldatens historie, og det var først, da det tyske angreb fandt sted, at han endelig accepterede, at hans forsøg på at undgå krig med Tyskland indtil 1942 var mislykket.
de tyske styrker, der består af tre millioner mand og 3.400 kampvogne, avancerede i tre grupper. Den nordlige gruppe gik mod Leningrad, centergruppen for Moskva og de sydlige styrker ind i Ukraine. Inden for seks dage havde tyskerne erobret Minsk. General Demitry Pavlov, den mand, der var ansvarlig for at forsvare Minsk, og to af hans seniorgeneraler blev tilbagekaldt til Moskva og blev skudt for inkompetence.med henrettelsen af Pavlov og hans generaler gjorde Joseph Stalin det klart, at han ville straffe enhver kommandør, som han troede havde svigtet Sovjetunionen. I fremtiden tænkte sovjetiske kommandanter to gange om at overgive eller trække sig tilbage. En anden faktor i dette var den måde, hvorpå den tyske hær massakrerede befolkningen i Minsk. Rædselsslagen for både Stalin og Hitler havde det sovjetiske folk ingen anden mulighed end at kæmpe, indtil de blev dræbt.Joseph Stalin udnævnte sig selv til øverstkommanderende for Den Røde Hær den 20. juli 1941. En ny Værnepligtslov blev vedtaget den 31. August 1941. Alderen for militær værnepligt blev sænket til atten for unge uden sekundær uddannelse og nitten for dem, der var blevet uddannet over dette niveau.
de første par måneder af krigen var katastrofale for Sovjetunionen. De tyske nordlige styrker omringede Leningrad, mens centergruppen gjorde stadige fremskridt mod Moskva. Tyske styrker havde også gjort dybe indhug i Ukraine. Kiev var under belejring, og Stalins stabschef, Georgi Sjukov, foreslog, at de tropper, der forsvarede Ukraines hovedstad, skulle trækkes tilbage, hvilket gjorde det muligt for dem at indtage stærke defensive positioner længere mod øst. Stalin insisterede på, at tropperne blev, og da Kiev blev taget, var ofrene ekstremt høje. Det var det mest omfattende nederlag, som den Røde Hær oplevede i sin historie. Imidlertid havde den beslutsomme modstand, der blev sat i Kiev, forsinket angrebet på Moskva betydeligt.
det var nu September, og vinteren nærmede sig hurtigt. Da tyske tropper bevægede sig dybere ind i Sovjetunionen, blev forsyningslinjerne længere. Joseph Stalin gav instruktioner om, at når den blev tvunget til at trække sig tilbage, skulle Den Røde Hær ødelægge alt, hvad der kunne være til nytte for fjenden. Den brændte jords politik og dannelsen af gerillaenheder bag de tyske frontlinjer skabte alvorlige problemer for den tyske krigsmaskine, der forsøgte at holde hendes tre millioner soldater forsynet med den nødvendige mad og ammunition.
i oktober 1941 var tyske tropper kun femten miles uden for Moskva. Ordrer blev givet til en massevakuering af byen. På to uger forlod to millioner mennesker Moskva og satte kursen mod øst. Stalin samlede moralen ved at blive i Moskva. I en bombe-bevis luftangreb husly placeret under Kreml, Stalin, som øverstkommanderende, instrueret den sovjetiske krigsindsats. Alle større beslutninger truffet af hans frontlinjekommandører måtte først ryddes med Stalin.
i November 1941 lancerede den tyske hær en ny offensiv på Moskva. Den sovjetiske hær holdt ud, og tyskerne blev stoppet. Stalin opfordrede til et modangreb. Hans ledere var i tvivl om denne politik, men Stalin insisterede, og den 4.December angreb Den Røde Hær. Tyskerne, demoraliseret af dens nylige mangel på succes, blev overrasket og begyndte at trække sig tilbage. I januar var tyskerne blevet skubbet tilbage 200 miles.
Stalins militære strategi var dybest set ret simpel. Han mente, at det var meget vigtigt at angribe fjenden så ofte som muligt. Han var især ivrig efter at bruge nye, friske tropper til disse offensiver. Stalin hævdede, at lande i Vesteuropa var blevet slået af deres egen frygt for tysk overlegenhed. Hans hovedmål med at bruge nye tropper på denne måde var at overbevise dem om, at de tyske styrker ikke var uovervindelige. Ved at skubbe den tyske hær tilbage i Moskva beviste Stalin over for de sovjetiske tropper, at Bliskrieg kunne modvirkes; det gav også et vigtigt eksempel for alle tropper over hele verden, der kæmpede for den tyske krigsmaskine.med hjælp fra USA og Storbritannien var Sovjetunionen i stand til at opbygge Den Røde Hær. Det store tankkorps blev erstattet af uafhængige tankbrigader på omkring 90 tanke. I slutningen af 1942 oprettede den Røde Hær tankkorps, der indeholdt et motoriseret infanteri og to tankbrigader. Disse nye enheder blev brugt til at udnytte huller skabt af masserede infanteriangreb.i juli 1943 besejrede et angreb fra Den Røde Hær med 3.000 kampvogne den tyske hær ved Kursk. Dette blev efterfulgt af stadige sovjetiske fremskridt langs Østfronten. Tempoet i succes blev øget, da de allierede landede i Normandiet i juni 1944.
i 1945 flyttede Den Røde Hær ind i Tyskland. Bange for at blive fanget af sovjeterne og blive paraderet rundt i gaderne i et bur, Adolf Hitler begår selvmord, og den 2.maj overgav chefen for tyske tropper i Berlin sig.
på sit højeste anslået 12,5 millioner mænd og kvinder kæmpede i Den Røde Hær. Det vides ikke, hvor mange der blev dræbt, men efter at freden blev underskrevet hævdede regeringen, at over 20 millioner sovjetiske borgere døde under Anden Verdenskrig.