Mohammad Ayub Khan, (født 14.maj 1907, død 19. April 1974 i nærheden af Islo.), Pakistans præsident fra 1958 til 1969, hvis styre markerede en kritisk periode i den moderne udvikling af hans nation.
efter at have studeret ved Al Larsgarh Muslim University, i Uttar Pradesh, Indien og ved British Royal Military College, i Sandhurst, blev Ayub Khan bestilt en officer i den indiske hær (1928). I Anden Verdenskrig var han næstkommanderende for et regiment i Burma (Myanmar) og befalede en bataljon i Indien. Efter 1947 deling af Britisk Indien han blev hurtigt forfremmet i hæren af den nye muslimske stat Pakistan: fra generalmajor (1948) til øverstkommanderende (1951). Derudover blev Ayub forsvarsminister (1954) i en kort periode.efter flere års politisk uro i Pakistan ophævede præsident Iskander med hærstøtte i 1958 forfatningen og udnævnte Ayub til chef for krigsret. Kort efter havde Ayub selv erklæret præsident, og Miras blev forvist. Ayub reorganiserede administrationen og handlede for at genoprette økonomien gennem landbrugsreformer og stimulering af industrien. Udenlandske investeringer blev også opmuntret.Ayub introducerede systemet med “grundlæggende demokratier” i 1960. Det bestod af et netværk af lokale selvstyrende organer for at skabe en forbindelse mellem regeringen og folket. Primære styrende enheder blev oprettet for at lede lokale anliggender; deres medlemmer blev valgt af valgkredse på 800-1.000 voksne. En national folkeafstemning blandt alle de valgte bekræftede Ayub som præsident. Han blev genvalgt under dette system i 1965 mod en stærk udfordring fra en opposition forenet bag Fatima Jinnah, søsteren til Mohammed Ali Jinnah, skaberen af Pakistan.