Pozdější práci a účast v Marvel Cinematic Vesmíru
Poté, co pracoval pro Marvel v oficiální kapacitou pro téměř 60 let, Lee začal sledovat jiné projekty, a v roce 1999 vytvořil Stan Lee Media, Internet zábavní společnost postavena kolem jeho výtvory. Nakonec se jeho role v Marvel stala rolí emeritního předsedy. Leeova nová firma si vedla dobře se svým prvním projektem, animovaným online seriálem s názvem 7th Portal, který představoval mimozemšťany, kteří vstupují na Zemi prostřednictvím „7. portálu“ – internetu. Po tomto počátečním úspěchu, nicméně, společnost byla sužována řadou soudních sporů a obvinění z korupce. V únoru 2001 podala návrh na konkurz. V 2004 Pow Entertainment byla založena pro různé nové postavy a franšízy Lee. V roce 2017 firmu se svými partnery prodal.
filmové adaptace založené na seriálu, který Lee cocreated byly velmi úspěšné. X-Men (2000) a Spider-Man (2002) zahájila trháku sérií, který vydělal miliardy dolarů v box-office příjmy po celém světě. Další Lee výtvory dostávat Hollywood léčby byly Daredevil (2003), Hulk (2003) a Iron Man (2008). Lee byl často vystupoval v portrétu rolí v těchto filmech, tradice, která pokračovala poté, co Disney koupil Marvel v 2009. Po akvizici následovala záplava filmů Marvel, včetně filmů založených na kreacích Lee-Kirby, jako jsou Thor (2011), The Avengers (2012) a Ant-Man (2015). Lee portréty se stal fan-oblíbené „Velikonoční vejce“ v rámci Marvel Cinematic Vesmíru—jako filmy‘ sdílený svět přišel být známý—a nakonec se objevila v desítkách filmech, televizní pořady a video hry. Jeho krátká role v Strážci Galaxie Vol. 2 (2017) objasnil, že Lee byl, ve skutečnosti, zobrazovat stejný charakter v každé z těchto vystoupení a že jeho role byla kronikář událostí z Marvel Vesmíru. V listopadu 2002 Lee podal $10 milionů žalobu proti Marvel poté, co nedokázal získat žádné zisky z prvního Spider-Man film, a v roce 2005 soud rozhodl ve prospěch Lee.
kromě své práce v jiných médiích napsal Lee knihy o komiksu a o svém vlastním životě. Mezi jeho publikovaná díla patří Origins of Marvel Comics (1974), Excelsior!: Úžasný život Stan Lee (2002) a Stan Lee a vzestup a pád amerického komiksu (2003). V roce 2008 mu byla udělena Národní medaile za umění.