Rudá armáda také obsahovala politické komisaře, jejichž úlohou bylo zajistit loajalitu Josefu Stalinovi a jeho vládě. Často členové NKVD, sovětská tajná policie, přítomnost politických komisařů vytvořila neefektivní dualitu polního velení.
Na vypuknutí Druhé Světové Války v roce 1939 Rudá Armáda měla odhadem 1,800,000 mužů ve svých řadách, z nichž jedna čtvrtina byla umístěna na Dálném Východě.
v listopadu 1939 napadla Rudá armáda Finsko. Marshall Carl Mannerheim, vrchní velitel finské armády, byl schopen zablokovat Sovětský postup u Kemijarvi a Karelian. Až na jaře 1940 se 7. a 13. armáda vedená generálem Kirilem Meretsokovem podařilo prorazit finskou obranu.
Finsko dohodnutých mírových podmínek na 13. Března 1940. Válka stála Sověty 200 000 mužů, 700 letadel a 1600 tanků. Joseph Stalin nyní dospěl k závěru, že Rudá armáda nebyla schopna bojovat s velkou válkou a pomohla potvrdit jeho názor, že je životně důležité vyhnout se válce s nacistickým Německem co nejdéle. Sovětsko-finská válka také přesvědčila Adolfa Hitlera, že německá armáda snadno porazí Rudou armádu, když válka nakonec proběhla.
po válce s Finskem Stalin rychle vzrostl ve velikosti Rudé armády. Do roku 1941 se rozrostla na 3 miliony mužů (300 divizí). Většina mužů sloužila v nemechanizovaných divizích pušek. Pěchota byla podporována dělostřelectvem taženým koňmi a kavalérií. Více než polovina vojáků Rudé armády byla umístěna na západě a čelila mnohem menším německým silám.
Rudá armáda měla také dva nové tankové sbory. To zahrnovalo KV a ruský nový tank“ shellproof“, T-34. Tank byl opatřen šikmým pancířem pro odklonění granátů, které byly svařeny místo nýtované. Vybaven výkonným dieselovým motorem, jeho hlavní výzbroj byla vysokorychlostní 76mm dělo.
21. června 1941 německý seržant dezertoval Sovětským silám. Informoval je, že německá armáda zaútočí za úsvitu následujícího rána. Josef Stalin byl neochotný věřit, že voják je příběh a to nebylo až do německého útoku došlo, že on nakonec připustil, že jeho pokusy vyhnout se válce s Německem až do roku 1942 nepodařilo.
německé síly, se skládá ze tří milionů mužů a 3,400 tanky, pokročilé na tři skupiny. Severní skupina zamířila do Leningradu, středová skupina pro Moskvu a Jižní síly na Ukrajinu. Během šesti dnů Němci dobyli Minsk. Generál Demitry Pavlov, muž zodpovědný za obranu Minsku, a dva z jeho vysokých generálů byli odvoláni do Moskvy a byli zastřeleni pro neschopnost.
s popravou Pavlova a jeho generálů dal Joseph Stalin jasně najevo, že přísně potrestá každého velitele, o kterém věřil, že nechal Sovětský svaz. V budoucnu sovětští velitelé dvakrát přemýšleli o kapitulaci nebo ústupu. Dalším faktorem byl způsob, jakým německá armáda masakrovala obyvatele Minsku. Vyděšený Stalinem i Hitlerem, sovětský lid neměl jinou možnost, než bojovat, dokud nebyli zabiti.
Joseph Stalin se 20. července 1941 jmenoval vrchním velitelem Rudé armády. 31.srpna 1941 byl přijat nový branný zákon. Věk vojenské branné povinnosti byl snížen na osmnáct pro mládež bez středního vzdělání a devatenáct pro ty, kteří byli vzděláváni nad touto úrovní.
prvních několik měsíců války bylo pro Sovětský svaz katastrofální. Německé Severní síly obklíčily Leningrad, zatímco středová skupina postupovala směrem k Moskvě. Německé síly také pronikly hluboko na Ukrajinu. Kyjev byl v obležení a Stalinův náčelník štábu Georgij Žukov navrhl, aby jednotky bránící Hlavní město Ukrajiny byly staženy, což jim umožnilo zaujmout silné obranné pozice dále na východ. Stalin trval na tom, že vojáci zůstali a v době, kdy byl Kyjev obsazen, byly ztráty extrémně vysoké. Byla to nejkomplexnější porážka, kterou zažila Rudá armáda ve své historii. Odhodlaný odpor kladený v Kyjevě však útok na Moskvu značně oddálil.
bylo září a zima se rychle blížila. Jak se německá vojska pohybovala hlouběji do Sovětského svazu, zásobovací linie se prodlužovaly. Joseph Stalin dal pokyny, že když je nucen ustoupit, Rudá Armáda by měla zničit vše, co by mohlo být užitečné pro nepřítele. Spálené země politika a formování partyzánských jednotek za německou frontovou linií, vytvořil vážné problémy pro německý válečný stroj, který se snažil udržet její tři miliony vojáků dodávané s potřebnými potravin a munice.
do října 1941 byla německá vojska pouhých patnáct mil od Moskvy. Byly vydány příkazy k hromadné evakuaci města. Za dva týdny opustily Moskvu dva miliony lidí a zamířily na východ. Stalin shromáždil morálku tím, že zůstal v Moskvě. V protileteckém protileteckém krytu umístěném pod Kremlem, Stalin, jako vrchní velitel, řídil sovětské válečné úsilí. Všechna hlavní rozhodnutí jeho velitelů v první linii musela být nejprve očištěna se Stalinem.
v listopadu 1941 zahájila německá armáda novou ofenzívu na Moskvu. Sovětská armáda vydržela a Němci byli zastaveni. Stalin vyzval k protiútoku. Jeho velitelé měli o této politice pochybnosti, ale Stalin na tom trval a 4. prosince zaútočila Rudá armáda. Němci, demoralizovaní nedávným neúspěchem, byli zaskočeni a začali ustupovat. V lednu byli Němci odsunuti o 200 mil zpět.
Stalinova vojenská strategie byla v podstatě poměrně jednoduchá. Věřil, že je životně důležité útočit na nepřítele co nejčastěji. Zvláště chtěl použít nové, čerstvé jednotky pro tyto ofenzivy. Stalin tvrdil, že země v západní Evropě byly poraženy vlastním strachem z německé nadřazenosti. Jeho hlavním cílem při používání nových jednotek tímto způsobem bylo přesvědčit je, že německé síly nejsou neporazitelné. Tím, že tlačí na německou Armádu zpět v Moskvě, Stalin dokázal Sovětských vojsk Blizkrieg, že by mohl být čelit; je také důležitým příkladem pro všechny vojáky po celém světě bojují německý válečný stroj.
s pomocí Spojených států a Británie byl Sovětský svaz schopen vybudovat Rudou armádu. Velké tankové sbory byly nahrazeny nezávislými tankovými brigádami asi 90 tanků. Koncem roku 1942 vytvořila Rudá armáda tankový sbor, který obsahoval jednu motorizovanou pěchotu a dvě tankové brigády. Tyto nové jednotky byly použity k využití mezer vytvořených hromadnými útoky pěchoty.
v červenci 1943 útok Rudé armády pomocí 3 000 tanků porazil německou armádu u Kurska. Následoval stálý sovětský postup podél východní fronty. Tempo úspěchu se zvýšilo, když spojenci přistáli v Normandii v červnu 1944.
v roce 1945 se Rudá armáda přestěhovala do Německa. Strach byl zajat Sověty a byl vodili po ulicích v kleci, Adolf Hitler spáchal sebevraždu a 2. Května, Velitel německých vojsk v Berlíně vzdal.
na svém vrcholu bojovalo v Rudé armádě odhadem 12,5 milionu mužů a žen. Není známo, kolik jich bylo zabito, ale po podepsání míru vláda tvrdila, že během druhé světové války zemřelo více než 20 milionů sovětských občanů.