TEXT
Gram-negativní bacily (GNB) jsou spojena s infekcí krevního řečiště (BSI) což vede k značné úmrtnosti, zvláště u pacientů, na jednotkách intenzivní péče (Jip). Mezi nejčastější patogeny GNB patří Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae a Pseudomonas aeruginosa (4, 8). Výběr empirické terapie pro infekce GNB je náročný kvůli inherentní antimikrobiální rezistenci u mnoha P. kmeny aeruginosa a vznikající rezistence na karbapenem antimikrobiální látky mezi izoláty k.pneumoniae. Rychlá identifikace patogenu ve stejný den (ID) přímo z nově pozitivních lahví s krevní kulturou může ovlivnit vhodný výběr empirické terapie, což je důležitý faktor při zlepšování výsledků pacientů (7). Testy fluorescence peptidové nukleové kyseliny in situ hybridizace (PNA FISH) (AdvanDx Inc.) bylo prokázáno, že se příznivě srovnávají s automatizovanými fenotypovými metodami ID a mohou produkovat výsledky přibližně za 90 minut (10). Omezení současných FDA-cleared GNB PNA FISH assays (e. coli/P. aeruginosa PNA RYBY a E. coli, K. pneumoniae /P. aeruginosa PNA FISH) je neschopnost odlišit E. coli od bakterie K.pneumoniae. Tato multicentrická studie hodnotila výkon GNR (Gram-negativní tyče) semafor PNA RYBY (ne FDA odbaveno v době této studie), první rychlá PNA FISH testu identifikovat 3 hlavní GNB (E. coli, K. pneumoniae a P. aeruginosa) přímo z nově pozitivní krevní kultury.
čtyři místa studie v USA shromáždily klinické krevní kultury pozitivní na GNB. Fenotypové ID metody pro každou laboratoř byla provedena buď pomocí Mikroskenování (Siemens Healthcare Diagnostics, Tarrytown, NY) nebo VITEK2 (bioMérieux, Inc., Durham, NC). Údaje shromážděné pro tuto studii neměly žádné identifikátory pacienta a byly použity pouze krevní kultury odebrané pro klinické účely. Pro protokol o studii bylo od každé instituce získáno schválení nebo výjimka institucionální Revizní komise (IRB). Každé místo používalo jeden z následujících tří automatizovaných, nepřetržitě monitorujících systémů kultivace krve: BacT / Alert (bioMérieux, Inc. ,Durham, NC), BACTEC (Bd Diagnostics, Spark, MD), nebo VersaTrek (Trek Diagnostic Systems, Cleveland, OH). Pro každý vzorek byl proveden GNR Semafor PNA FISH podle pokynů výrobce. Diapozitivy byly zkoumány fluorescenční mikroskopií (60× nebo 100× oil objective, dual-bandpass fluorescein isothiokyanate/Texas Red filter). Výsledky byly interpretovány jako pozitivní, když fluoreskující buňky byly pozorovány ve více oborech pohledu, a to následovně: zelený pro E. coli, červená pro P. aeruginosa, a žlutá pro bakterie K.pneumoniae. Navíc EK / P. ryby aeruginosa PNA byly provedeny na každém vzorku (údaje nejsou uvedeny). GNR Semafor PNA FISH byl proveden souběžně s rutinním laboratorním ID na přebytečném materiálu pro kultivaci krve. Provozovatel testování ryb PNA v každém místě studie byl zaslepen výsledky rutinního laboratorního ID, dokud nebyly všechny testy dokončeny.
celkem 490 klinické krevní testy pozitivní na GNB tím, Gram barvení, a 4 krevní kultury lahve označeny klinických izolátů P. aeruginosa byly zahrnuty do studie. Automatizované fenotypové ID metody identifikovaly 537 izolátů, včetně 43 ve smíšených růstových kulturách 2 nebo více organismů. Z identifikovaných organismů bylo 186 (34,6%) E. coli, 110 (20,5%) k.pneumoniae a 48 (8,9%) P. aeruginosa. Z 43 smíšené kultury, 15 byly identifikovány jako mající 2 přítomných cílových organismů cílových ryb GNR semaforu pna, a proto se očekávalo, že se zobrazí 2 výsledky fluorescence. GNR semaforu PNA RYBY správně identifikována 100% (186/186) izolátů E. coli, 99.1% (109/110) izolátů K. pneumoniae, a 95.8% (46/48) P. izoláty aeruginosa (Tabulka 1). Byl zaznamenán jeden falešně negativní pro K.pneumoniae a dva falešně negativní pro P. aeruginosa, všechny ve smíšených kulturách (izoláty nebyly k dispozici pro opakované testování). Podle označení výrobce ostatních testů na ryby PNA, jako jsou ryby E. coli/P. aeruginosa PNA, je limit detekce (LOD) 105 CFU. Ve smíšených kulturách, je možné, že jeden organismus může venku pěstovat jiné, a to, že láhev může signalizovat pozitivní na automatizované hemokultura zařízení před oba organismy dosažení tohoto LOD pro PNA FISH testu. Specifičnost testu byla 98.2% (162/165). Smíšené kultury, které obsahovaly více než jeden izolát jiných než E. coli, P. aeruginosa, nebo K. pneumoniae (28) byly počítány jednou specifičnost výpočty, protože pouze jeden negativní výsledek by mohl být očekává, že bude pozorován v čase. Jeden Enterobacter cloacae vzorek dal falešně pozitivní E. coli (zelené) výsledek (negativní při opakovaném testování), a jeden Acinetobacter baumannii vzorek dal falešně pozitivní P. aeruginosa (červená) výsledek (izolovat/vzorek k dispozici pro další testování). Další falešně pozitivní P. výsledek přípravku aeruginosa (červená) se objevil u vzorku obsahujícího Acinetobacter radioresistens, což je vzácný klinický izolát. Analýza veřejně dostupných sekvencí (http://www.ncbi.nlm.nih.gov) odhalila částečnou komplementární sekvenční podobnost Pro a.radioresistens se sondou P. aeruginosa PNA.
- Zobrazit inline
- zobrazit vyskakovací okno
Tabulka 1.
Výkon vlastnosti GNR semaforu PNA RYBY assayg
Nevhodné počáteční antibiotická výběr a zpoždění v zahájení účinné antimikrobiální terapie bylo prokázáno, že mají nepříznivý dopad úmrtnost u pacientů s GNB BSI (6, 7, 9) a, pro Pseudomonas BSI, byly spojeny s delší délkou pobytu v nemocnici (9). Rychlá identifikace E. coli, P. aeruginosa nebo k. pneumoniae z krve, kultury lahví má potenciál ovlivnit klinické rozhodnutí tím, že umožňuje předčasný výběr efektivní cílenou antimikrobiální terapii, a tím lepší výsledky u pacientů a snížení délky hospitalizace. Jakmile druhů bylo zjištěno, léčebný režim s antipseudomonal činnosti, jako je tobramycin nebo piperacilin-tazobaktam může být vybrán pro P. aeruginosa infekce a ceftriaxon nebo jiné vhodné léky pro E. coli bakteriémie. Včasná identifikace k. pneumoniae v krvi kultury by umožnit rychlé zahájení vhodné terapie založené na odporu vzor tohoto organismu v dané instituci, jako je rychlost širokospektré β-laktamázy (ESBL) přeprava nebo prevalence karbapenemové rezistence. Rychlé PNA FISH výsledky negativní E. coli, P. aeruginosa, nebo K. pneumoniae, bylo prokázáno, že znamenat zvýšení pravděpodobnosti izolát rezistentní na cefalosporiny, dále podporuje koncept rychlého patogen ID dopad terapeutické rozhodnutí (5).
Tato studie prokázala, že GNR semaforu PNA FISH je vysoce citlivý a specifický test pro identifikaci nejčastějších GNB zotavil z nově pozitivní krevní kultury lahví. Čas výsledky pro GNR semaforu PNA RYBY z pozitivní krevní kultury je přibližně 90 min (hands-on technolog doba je přibližně 10 min na zkoušku), v porovnání s 1 až 3 dny pro klasické fenotypové metody. Při posuzování skutečných nákladů GNR semaforu PNA RYBY realizace byla nad rámec této studie, přibližné náklady na jeden test na základě výrobcem doporučená cena je $39 (bez ovládacích prvků), s Medicare náhradu $84.66. Jak naznačují studie, dalších PNA RYB, testy, laboratorní výdaje pro provádění GNR semaforu PNA RYBY by bylo ospravedlnitelné, když se měří proti zlepšení výsledků pacienta, snížení délky hospitalizace, a uvážlivé používání antimikrobiálních terapie (1, 2, 3). Přímý účinek GNR semaforu PNA FISH na výběr vhodné empirické terapie, následné výsledky pacientů, a nákladové přínosy by byly oblastmi zájmu pro budoucí studie.