3.1: Obecný (Zkráceně) Struktur (aka R Skupin)

Kreslení Obecný (zkráceně) Organické Struktury,

V kapitole 2, naučili jsme se rozpoznat a rozlišit mezi organické funkční skupiny. Často při kreslení organických struktur považují chemici za vhodné použít písmeno “ R “ K označení části molekuly mimo oblast zájmu. „R“ představuje „zbytek molekuly“. Pokud chceme jen odkazovat obecně na funkční skupiny bez kreslení specifické molekuly, například, můžeme použít ‚R skupin zaměřit pozornost na skupiny zájmů:

“ R “ skupina je pohodlný způsob, jak zkrátit struktury velkých biologických molekul, zejména, když máme zájem o něco, co je vyskytující se konkrétně na jednom místě v molekule. Například, v kapitole 15 když se podíváme na biochemické oxidačně-redukční reakce zahrnující flavin molekuly, budeme zkrátit velká část flavin struktury, které nemění vůbec v reakcích zájmu:

Jako alternativu, můžeme použít „přestávku“ symbol uvést, že jsme při pohledu na malý kousek nebo část větší molekuly. To se běžně používá v kontextu kreslení skupin na velkých polymerech, jako jsou proteiny nebo DNA.

Konečně, “ R “ skupiny mohou být použity, aby výstižně ilustrují řada příbuzných sloučenin, jako jsou rodiny penicilin na bázi antibiotik.

Pomocí zkratky vhodně je velmi důležitá dovednost rozvíjet při studiu organické chemie v biologickém kontextu, protože i když mnoho biomolekul jsou velmi velké a složité (a vzít nakreslit!), obvykle se zaměřujeme pouze na jednu malou část molekuly, kde dochází ke změně.

Jako pravidlo, měli byste se nikdy zkrátit každého atomu se podílejí na bond-lámání nebo dluhopisů tvořících případě, že je ilustroval: jen zkrátit tu část molekuly, která není zapojen v reakci zájem.

například uhlík #2 v níže uvedeném reaktantu/produktu se rozhodně podílí na změnách vazby, a proto by neměl být zahrnut do skupiny „R“.

Pokud si nejste jisti, zda čerpat část konstrukce nebo zkrátit, nejbezpečnější věc udělat, je nakreslit.

cvičení

1. a) Pokud máte v úmyslu upozornit na chemické detaily reakce, ve které methyl ester funkční skupiny kokainu (viz předchozí obrázek) byl převeden na karboxylát plus methanolu, co by bylo vhodné zkratka k použití pro kokain strukturu (za předpokladu, že jste jen chtěl diskutovat o chemii, konkrétně vyskytující se na ester skupiny)?

b) níže je (poněkud komplikovaná) reakce katalyzovaná enzymem známým jako „Rubisco“, kterým rostliny „fixují“ oxid uhličitý. Oxid uhličitý a kyslík vody jsou zbarveny červeně a modře, aby vám pomohly zjistit, kde jsou tyto atomy začleněny do produktů. Navrhněte vhodnou zkratku pro výchozí sloučeninu (1,5-bisfosfát ribulózy) za použití dvou různých skupin „R“, R1 a R2.

řešení cvičení